中国的基督教自立，在民国时期的发展并非一帆风顺。相反，在半殖民地的中国，其经历一波三折，颇为坎坷。蒋介石当政后，碍于和英美的关系，对宗教自治并不热心，又恐其有革命之嫌曾加以防范，这给基督教的自立带来了负面影响。1927年中国自立教会就曾达到600多所，但到了1935年只剩下200多所，只是在抗日战争时期民族情绪高涨，才又趁势而起发展了起来。
四、基督教文化与本土文化的“交融”
由于上述因素，民国基督教文化越来越呈现与中国本土文化交融结合的特点，这首先反映在教会的名称上，纷纷加上了“中国”、“中华”等字眼。如长老会、公理会、伦敦会合并在一起，统称“中华基督教联会”，信义会改称“中华信义会”，浸礼会改称“中华浸信会联会”，监理会、美以美会、循理会、循道会、美道会合并，统称“中华卫理公会”。