显三乘，分为声闻、缘觉、菩萨等三乘，是佛教的起始阶段。前两乘相当于一般的小乘，后一乘相当于大乘。宁玛派认为，三乘概括了佛教显教各派。而显教三乘的教法，在佛教内部各派说法没有不同，在西藏也无新旧宗派的差别。他们共同认为，只有彻底断除烦恼，才能出离生死轮回，趋向涅槃。
外密三乘，是为宁玛派和其他藏密教派所共有的，为制耶、邬巴、瑜伽等三乘，相当于新派的事续、行续、瑜伽续三续部。三乘都采取逐步引导的办法来转变众生的习气。制耶外重身语清洁，内修瑜伽法，用三密相应法以求迅速获得三密成就；邬巴重视内外双修，用加持三业的办法来求得成就；瑜伽续则专重内部瑜伽修炼，观我为佛，用四大印印定法求得三密成就。
内密三乘，又称为无上瑜伽，有摩诃瑜伽、阿鲁瑜伽、阿底瑜伽等。摩诃瑜伽，相当于新派的生起次第，观本尊坛城，乐空双运，重在风息。阿鲁瑜伽，相当于新派的圆满次第，修风脉明点，乐空双运，重在明点。阿底瑜伽，为本派特有的教法，求明见心性之体用，界觉双运，重在光明。这与新派的密三乘的父续、母续、不二续大致类似。
阿底瑜伽又分为心部、自在部和要门部三部，这三部在历史上又各有各的传承，但后来又都包括在“大圆满法”里。三素尔的经典传承，按照“九乘”的说法，他们的密法是以阿鲁瑜伽、阿底瑜伽为主的，而绒却吉桑波所传的一系，是以阿底瑜伽为主的；到隆钦然绛巴时，才特别提出了“大圆满法”，它实际上相当于阿底瑜伽，而且以其中的要门部为它的中心内容。