抗日战争爆发后，任抗日军政大学第五大队队长和抗日军政大学第三分校教育长等职。
中共中央组织部确认庄田是最合适的人选，并将其情况报告给中共中央书记处，后经刘少奇和周恩来批准，同意派遣庄田赴琼辅佐冯白驹领导琼崖抗日斗争。
同时，受中共中央派遣、随庄田到琼崖工作的还有4位同志，其中有担任过红军部队营长的覃威，有担任过电台台长的刘成义，还有担任过军械师的王昌义和曾飞等同志。
中共中央同一时期，派遣这么多具有军事指挥、会做政治工作、会办军事学校、有各种专业技术的红军干部，并配备两部电台到琼崖敌后抗日根据地工作，这是琼崖抗日战争爆发以来的第一次。
行前，刘少奇、周恩来代表中共中央对琼崖的抗日战争作了重要指示。党中央对琼崖抗日根据地如此重视和支持，对正在敌后坚持艰苦抗日战争的中共琼崖特委和琼崖抗日独立总队全体干部战士，以及广大的琼崖人民无疑是一个极大的鼓舞。
庄田奉命带领中共中央派遣到琼崖工作的同志，于1940年4月从延安出发，经过几个月的长途跋涉，历尽艰辛，于1940年9月初，到达中共琼崖特委和琼崖抗日独立总队所在的美合根据地。