刘基对这种飞来之灾不曾料到,杀头灭门之祸就在眼前。考虑再三,他带上儿子刘琏赶往京师。没有一句辩白,一句埋怨,只是向皇帝谢罪,只是说因为罪臣冒犯,惹皇上生气,实在是罪该万死。这样一来,反倒使朱皇帝无从下手了。他原本设想刘基一旦申冤辩诬,就治他个洁己诬人,已是国非之罪,现在却无处借口。后来朱元璋在洪武八年(1375)给刘基的《赐归老青田诏书》中说过这样一段话:“朕闻古人有云:君子绝交,恶言不出;忠臣去国,不洁其名。……卿善为忠者,所以不辩而趋朝。一则释他人之余论,况亲君之心甚切。此可谓不洁其名者欤?恶言不出者欤!”正是这种“皇帝圣明,罪臣当诛”的忠個和以退为守的策略,唤起了朱元璋爱虚荣做明君的一半心理,而把那耍威风,滥杀人的一半搁起。
刘基渡过险关,但皇帝的猜忌没有解除,胡惟庸势炎熏灼,迫害随时可至。他留京无益,回乡不敢,只有掩门独坐,形影相吊。但生性刚毅和倔强,又使他充满自信,对自己堂堂正正的一生始终不悔。他哪里知道,朱元璋正在通过他的政敌的手置他于死地。刘基这时候已是六十四岁高龄,他头发半白,耳聋眼花,脚下迟重,左手麻痹痉挛,老态龙钟。经过此次事变更加百病缠身。