刘基对这种飞来之灾不曾料到，杀头灭门之祸就在眼前。考虑再三，他带上儿子刘琏赶往京师。没有一句辩白，一句埋怨，只是向皇帝谢罪，只是说因为罪臣冒犯，惹皇上生气，实在是罪该万死。这样一来，反倒使朱皇帝无从下手了。他原本设想刘基一旦申冤辩诬，就治他个洁己诬人，已是国非之罪，现在却无处借口。后来朱元璋在洪武八年(1375)给刘基的《赐归老青田诏书》中说过这样一段话：“朕闻古人有云：君子绝交，恶言不出；忠臣去国，不洁其名。……卿善为忠者，所以不辩而趋朝。一则释他人之余论，况亲君之心甚切。此可谓不洁其名者欤?恶言不出者欤!”正是这种“皇帝圣明，罪臣当诛”的忠個和以退为守的策略，唤起了朱元璋爱虚荣做明君的一半心理，而把那耍威风，滥杀人的一半搁起。
刘基渡过险关，但皇帝的猜忌没有解除，胡惟庸势炎熏灼，迫害随时可至。他留京无益，回乡不敢，只有掩门独坐，形影相吊。但生性刚毅和倔强，又使他充满自信，对自己堂堂正正的一生始终不悔。他哪里知道，朱元璋正在通过他的政敌的手置他于死地。刘基这时候已是六十四岁高龄，他头发半白，耳聋眼花，脚下迟重，左手麻痹痉挛，老态龙钟。经过此次事变更加百病缠身。