朱祁镇还朝后被朱祁钰囚禁在南宫长达七年，虽说不至于忍饥挨饿，但被软禁的滋味肯定不好受。与此同时宫墙之外的朱祁钰也正在为了保住自己的皇位进行着一系列举动。
朱祁镇被软禁的时候，朱祁钰一方面严加监视着南宫以防生变，另一方面在朝堂上大力地打压宦官集团。他认为土木堡之变出现的最大原因就是宦官王振，所以刚继位的时候就诛灭掉像马顺这样的王振一党。国家安定之后，他对东厂、锦衣卫这种皇帝的耳目机构也加以打压，所以在景泰年间东厂和锦衣卫强劲的发展势头得到了遏制。朱祁钰并不是十分信任这两个机构，当时像高平、徐正都等特务机构的头领多次向朱祁钰汇报石亨、曹吉祥等人有异心，但朱祁钰对此表示怀疑，最终忽视了这一重要情报。虽然朱祁钰打压宦官和特务集团是好事，有利于国家的发展，但是一味地打压而不去利用，最终导致他在面对政变之时一无所知。明朝史学家王世贞曾说过一句话：“景帝不假内竖如此，南城之祸所由构也”。
在位期间的朱祁钰不仅是打压宦官集团，而且还废黜了侄子朱见浚（后来的明宪宗朱见深）的太子位，改立自己儿子朱见济为太子，想要让自己的血脉取代朱祁镇这一支，永远坐稳皇位。朱祁钰最初表现出想要改立太子时，大臣们多是表示反对的，更何况此时太后孙氏还健在，而当年孙太后允许朱祁钰继位的条件之一就是其百年之后要将皇位传给朱见浚，当时的朱祁钰也是一口答应了，现在想要食言确实不占理。