可惜，天不遂人愿。1940年，日本侵略军占领了上海，推行奴化教育。正在读书的李政道无法在那里继续安心学习，父亲就想方设法让他们兄弟三人到外地求学。他们冒着日本侵略军的炮火和随时被扣押的危险，穿过一道又一道军事封锁线，一路上风餐露宿，来到了浙江的嘉兴。安顿下来之后，他们便在临时搭建的窝棚学校读书学习。
狂妄的日本侵略军亡我之心不死，战火很快蔓延到了李政道就读的窝棚学校。李政道和他的两个哥哥不得不离开那里，再次迁移，逃到江西的联合中学借读。尽管条件极其艰苦，但他在那里一直读到高中三年级，而且成绩非常好。老师和同学们都对他刮目相看。
一天，学校的训导主任突然把李政道叫走了。他哥哥的心一下子提到了嗓子眼，还以为他出了什么事呢！过后才知道：由于战争的缘故，学校的老师奇缺，主任把他叫去当“小先生”，代上数学和物理两门课。由于李政道教课时深入浅出，清晰易懂，同学们都很满意。后来，他总结了自己当“小先生”的经验：要当好先生，先要当好学生。1943年秋，李政道以优异的成绩从江西联合中学毕业，考取了迁到贵州的联合浙江大学。当时学校的教学条件极差，他仍然顽强地坚持学习，而且一直是名列前茅。可是，到了大学二年级，日军又侵占了贵州，联合浙江大学被迫停办。